Muzeum ma bogatą historię, już w 1900 roku pracownicy krajoznawstwa założyli organizację Českolipský muzejní spolek pro správu sbírek (Českolipskie towarzystwo muzealne do zarządzania zbiorami). Po 1945 roku muzeum przejęło również zbiory z niektórych okolicznych miast. W latach 1969-76 zbiory te udostępniono w zrestaurowanym klasztorze augustynianów.

Stałe ekspozycje
Budynek główny:
1. Regionalna ekspozycja Przyroda Českolipska
2. Regionalna ekspozycja Historia Českolipska do 1945 roku
3. Starożytny Egipt i Českolipsko
4. Zwierzęta całego świata
5. Świat owadów i pajęczaków
6. Geologia i mineralogia
7. Ekspozycja kowalstwa
8. Świat mórz i oceanów

Filie muzeum:
Vísecká rychta w miejscowości Kravaře
Izba pamięci K. H. Máchy w miejscowości Doksy